متن پیام دفتر نهاد مقام معظم رهبری در دانشگاه علوم پزشکی ایران درپی شهادت مظلومانه رهبر انقلاب و جمعی از هموطنان  و نقض حاکمیت ملی، خطاب به جامعه دانشگاهی و ملت بزرگ  ایران، بدین شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

در مکتب زنده و پویای حسینی، خون شهید، گره گشایی می‌کند و داغدیدگان حادثه، از سوگ و عزا، حماسه می‌آفرینند. شهادت مظلومانه رهبر شجاع، عالم آگاه، فقیه انقلابی و مجاهد استکبارستیز، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، حادثه ای هولناک و مصیبتی جانکاه برای ملت قهرمان ایران و امت بزرگ اسلام است. این رهبر شهید عمری با برکت و سراسر مجاهدت را صرف اعتلای اسلام انقلابی نمود و با شناخت عمیق از مکتب اهلبیت علیهم‌السلام، الگویی بی‌نظیر از یک اسلام‌شناس فقیه و یک عالم آگاه به زمانه بود که سکانداری بزرگترین و پرچالش‌ترین انقلاب دینی عصر را بر عهده داشت. 

کوشش بی‌سابقه برای وحدت امت اسلامی در برابر نظام سلطه و بنای عظیم محور مقاومت در منطقه و فکر و ابتکار مقاومت در سراسر جهان، از دیگر شئون فکری و عملی این قائد عظیم‌الشأن بود.

ایشان با هوشمندی و درایت، انقلاب اسلامی را در تلاطم‌ها و طوفان‌های سهمگین دنیای مادی امروز به نقطه‌ای از عظمت رساند که همواره در برابر هیمنه بی‌رحم و آلوده نظام سلطه، سینه سپر کرده و آنرا به چالش می کشد. بی‌تردید مرور مجاهدت‌ها و زندگی سرشار از تلاش بی‌وقفه و خستگی‌ناپذیر این مجاهد کبیر، بخش‌های جذاب و شگفت‌انگیزی از نقش و تأثیر ایشان در کسب موفقیت‌ها و پیشرفتهای بی‌سابقه کشور را آشکار می‌کند؛ از تحمل تبعیدها و شکنجه‌ها تا مسئولیت‌های دوران اولیه انقلاب، از دهه‌ها تشویق و تحریض و جامعه علمی کشور در کسب علوم و فناوری‌های نوین تا نظارت و هدایت مستمر برای کسب توانمندی‌های دفاعی و هسته‌ای، از تشجیع ورزشکاران و ستودن ادیبان و هنرمندان و ترغیب به نقش‌آفرینی و وطن دوستی نخبگان و تحسین فعالیتهای جهادگران این مرزو بوم تا پاسداشت زبان فارسی ‌و میراث تمدنی و ملی، از برجسته کردن فرهنگ ایثار و شهادت و ترویج انس با قرآن و اقامه نماز و توجه به اهلبیت علیهم‌السلام تا تفهیم و تبیین مسئولیت‌های سنگین حوزه و دانشگاه و سایر ارکان نظام در قبال جامعه و تحولات جهانی، از دفاع از کرامت زنان و جایگاه متعالی خانواده تا تأکید بر نقش‌آفرینی جوانان در فتح قله‌های تعالی، همه و همه و بسیار بیشتر از اینها، که هر وجدان بیداری تصدیق می کند. قطعاً آینده نیز قضاوت خواهد کرد و عیان‌ترخواهد نمود که اگر منویات ایشان مورد توجه بیشتری از سوی برخی کارگزاران نظام قرار می‌گرفت، مشکلات امروز جامعه، بسی کمتر و برخورداری های عمومی فزون‌تر و عادلانه‌تر بود. 

ایشان در این مسیر بارها آبروی خود را سر دست گرفته و برای نظام و انقلاب هزینه کرده‌اند بطوریکه برای کوتاهی‌های مکرر برخی مسئولان کشور در انجام وظایف قانونی از جمله تکیه بر توان داخلی، سپر بلا و آماج تهمت‌ها و داوری‌های ناصواب شدند.

در عرصه بین‌الملل، ادراک و اشراف بی‌نظیر رهبر انقلاب بر تحولات جهانی و تیزبینی و آینده‌نگری استوار بر دانش وسیع و تجربیات عمیق، از ایشان چهره‌ای برجسته و روشن‌بین به نمایش گذاشت که حتی مورد اعجاب و اعتراف دشمنان بوده است. 

تسلط کم‌نظیر علمی و معرفت عمیق ایشان با فلسفه و ادبیات و سیاست، باعث تحت‌الشعاع قرار گرفتن مراتب عرفانی و سلوکی این عارف وارسته بود که بارها تمجید و تحسین بی‌پرده بزرگان عرفان و اساتید ممتاز اخلاق را در پی داشت. در بعد شخصیتی، تواضع و فروتنی این مرد بزرگ الهی موجب شده همواره خود را بعنوان شاگرد مکتب امام راحل (ره) بداند و این در حالی است که با حلم و حکمت شگفت انگیز، تدابیر داهیانه بی‌نظیری برای هدایت و عبور انقلاب اسلامی از امواج سهمگین دسیسه‌های خارجی و فتنه‌های داخلی اتخاذ نمایند که در این باره نیز قضاوت آینده تاریخ گواه روشن‌تری خواهد بود. امیدآفرینی همیشگی نسبت به آینده، وعده‌های صادق استوار، یادآوری‌های مستمر عظمت ملت ایران و نویدها و بشارت‌های مکرر برای جوانان، از طرفی، و حفظ تمامیت ارضی کشور، پر کردن دست‌ها و تقویت بازوان نیروهای مسلح کشور در مقابل زیاده‌خواهی بی‌حساب و ناتمام دشمنان، از طرف دیگر، و نیز پیوند حقیقی انقلاب با معنویت الهی و قیام سرخ حسینی و نوید اتصال و جاودانگی انقلاب به ظهور منجی موعود از دیگر برکات آن رهبر الهی خردمند بود. 

اینها بخش کوچکی از مجاهدت های آشکار و پنهان این مرد الهی بود که دل‌های مطمئن و وجدان ‌های بیدار تصدیق خواهند کرد. اگرچه جبهه باطل همواره تلاش کرده با غبارافشانی بر دیدگان، حقایق را بپوشاند، اما خورشید حقیقت و سمت درست تاریخ روشن‌تر از همیشه می درخشد و راه را برای ملت های بیدار نشان می دهد. امیدواریم خون به ناحق ریخته این سلاله حضرت زهرا سلام الله علیها، مسیر ظهور را هموار و این آرزوی بزرگ را نزدیک‌تر نماید و مبارزه با ستمگران و جنایتکاران آلوده و فاسد، به پیروزی جبهه حق سرانجام نماید.

از خداوند متعال برای آن رهبر شهید، علو درجات و برای ملت ایران و امت اسلام، صبر و استواری و پیروزی قاطع مسئلت داریم.