حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر انقلاب اسلامي در پي ترور دانشمند هسته‌اي شهيد، دکتر محسن فخري‌زاده پيامي صادر کردند.
متن پيام به اين شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحيم

دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌اي و دفاعي کشور جناب آقاي محسن فخري‌ زاده به دست مزدوران جنايتکار و شقاوت‌پيشه به شهادت رسيد. اين عنصر علمي کم‌نظير جان عزيز و گرانبها را به خاطر تلاشهاي علمي بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والاي شهادت، پاداش الهي اوست.
دو موضوع مهم را همه‌ي دست‌اندرکاران بايد به جدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پيگيري اين جنايت و مجازات قطعي عاملان و آمران آن، و ديگر پيگيري تلاش علمي و فني شهيد در همه‌ي بخشهائي که وي بدانها اشتغال داشت.
اينجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ي علمي کشور و به همکاران و شاگردان او در بخشهاي گوناگون، شهادت او را تبريک و فقدان او را تسليت ميگويم و علو درجات او را از خداوند مسألت ميکنم.
 
سيد علي خامنه اي
? آذر ماه ??